Родился 2 февраля 1887 в г. Яранск Вятской губернии (по другим сведениям 1 декабря 1890  Екатеринбурге)
В 1906 г. окончил реальное училище в г. Барнаул.
В  1908–1913 гг. учился на естественно-историческом отделении философского факультета Цюрихского университета в Швейцарии.
По окончании университета остался на преподавательской работе.
В 1914 защитил докторскую диссертацию, опубликованную в 1920 в Стокгольме.
В эти же годы опубликовал в Берне 5 статей под общим заглавием: «Менделизм за последнее пятилетие».
Отказавшись от работы в зоологической лаборатории в Цюрихском университете, в 1920 возвратился в Россию и поступил ассистентом в Государственный научный институт экспериментальной биологии. Занимался вопросами наследственности у морских свинок.
В 1921 переехал в Читу, где стал преподавателем ГИНО на кафедре зоологии, в последствии заведующий кафедры. Читал курс «Зоология беспозвоночных», руководил практическими занятиями по анатомии. Экспериментальной научной деятельностью в Чите не занимался из-за слишком слабой материально-технической базы ГИНО.
С 1923 по 1929 заведовал кафедрой зоологии в Дальневосточном (Владивосток) университете.
С 1929 по 1932 работал в Казахском (Алма-Ата) университете.
С 1932 по 1944 г. возглавлял кафедру зоологии беспозвоночных Пермского университета. Общим направлением научных исследований кафедры было изучение паразитофауны рыб Камы и других уральских и сибирских рек. Кафедра готовила специалистов-паразитологов и зоологов широкого профиля. Изучение паразитофауны и болезней речных сиговых из Верхней и Средней Оби проводил совместно с Павловым И.Н.
В 1935 году был деканом биологического факультета Пермского университета (временно), защитил кандидатскую диссертацию.
С 1932 по 1944 год возглавлял кафедру зоологии беспозвоночных Пермского (позже — Молотовского) университета.
В 1936 году обработал коллекции по паразитам рыб сибирских рек, полученные от Всесоюзного Научно-исследовательского Института озерно-речного рыбного хозяйства.
В 1937 - 1938 годах был одним из руководителей комплексной экспедиции в Ильменский государственный заповедник, возглавлял паразитологический отряд. В ходе исследований, проведённых в рамках экспедиции, был выяснен состав паразитов рыб озер этого заповедника. Эти исследования пополнили данные о географическом распространении разных видов паразитов рыб, позволили установить зависимость паразитофауны от гидробиологии водоемов.
Проводил также эмбриологические исследования по брюхоногим моллюскам
С 1944 по 1946 работал в Николаевском пединституте.
С 1946 работал на кафедре зоологии беспозвоночных Львовского университета.
В.А.Захваткин написал докторскую диссертацию на тему "Исследования по сравнительной морфологии, истории развития и систематике амбарных клещей". Впоследствии много работал в области сравнительной эмбриологии.
За монографию "Сравнительная эмбриология низших беспозвоночных" присуждена (посмертно) Государственная премия.
Умер 14 декабря 1961 г. (по другим сведениям 1967 г.)